ProPresent® MAPPSMAPPS 抗原呈递分析化验

使用世界领先的 MHC-associated peptide proteomics (MAPPS) 做出更多的发现

ProPresent® 是 ProImmune 的 MHC 相关肽蛋白质组学 (MAPPS) 检测。它可以让您直接识别抗原呈递细胞向 T 细胞呈递的多肽。我们的核心检测的周转时间仅为 3-4 周。

Figure 1. ProPresent® 例子流程测量多肽抗原呈现来之蛋白质或者混合蛋白质。抗原呈递细胞内吞蛋白质然后处理和呈现多肽连接着 MHC 分子在细胞表面上。溶解细胞后,使用了免疫亲和力方式恢复 HLA 多肽。恢复了多肽从 HLA 分子之后,分析使用了 LC-MS/MS 技术。测定的序列都经过严谨的测试来确定证实的阳性多肽在于一个很高的信心。

ProPresent® 能够让您准确知道抗原表位来之您的生药物或其他有感兴趣的蛋白质在于呈递在 HLA 分子到 T 细胞。使用了 HLA 多肽复合物萃取古典方法来确定多肽然后多肽洗脱后,使用了质谱方法确定排序抗原多肽表位。

ProPresent® 可使用来确定多肽关联对于的 HLA-DR, DP 或 DQ 和 HLA Class I 类。一起配搭 ProImmune’s REVEAL® HLA 多肽结合化验还有功能性 T 细胞化验,ProPresent® 能够完整的了解您生药物潜能的免疫原性风险。

观看 Zuben Sauna 博士在我们的 Mastering Immunity 会议上介绍的使用 ProPresent® MAPPS 分析的 FDA 深入研究

FDA 团队研究 Cas9 蛋白免疫原性的关键出版物

Simhadri V.L., Sauna Z.E., et al., Nature Communications (2021) “Cas9-derived peptides presented by MHC Class II that elicit proliferation of CD4+ T-cells”

Figure 2: ProPresent® 检测中鉴定的肽。一个。显示肽及其在 SaCas9 蛋白上的位置(在 X 轴上描绘)。对于 18 个供体中的每个供体,分别显示了所鉴定的肽。 Y 轴上描绘了与供体相关的 HLA-DRB1 等位基因。这些肽被堆叠以显示在每个供体的 Cas9 序列的每个位置检测到的多个肽。湾。在每个供体的 DC 上检测到的独特、连续 SaCas9 肽的数量。 C。 ProPresent 检测结果(彩色线)叠加在基于流式细胞术的 T 细胞增殖检测结果(粉红色区域)上。我们假设如果捐赠者共享至少一个 HLA 等位基因,则他们是匹配的。

简短摘要:本研究的目的是绘制来自金黄色葡萄球菌 Cas9 酶 (SaCas9) 的免疫原性 T 细胞表位。基于包括 ProPresent® 在内的几种基于细胞的分析,对全长 SaCas9 序列进行表位作图,以直接测量肽由多个捐助者处理和提交。总体而言,鉴定出 22 种 SaCas9 肽,它们均由 MHC-II 蛋白呈递并刺激 CD4+ T 细胞。虽然迄今为止没有报道与 Cas 蛋白免疫原性相关的不良事件,但使用本研究报告的工具改进的免疫原性风险评估将受益于 CRISPR-Cas 介导的基因治疗的安全性和有效性的临床评估。随着更多关于 CRISPR-Cas 蛋白免疫反应的临床数据出现,这些工具可用于更好地分析和了解免疫原性对临床安全性和有效性的影响。

CSL Behring 团队研究 sc-rFVIII AFSTYLA® 免疫原性降低的主要出版物

M. Hofmann, et al. (2017) “Analysis of the Novel Recombinant Factor VIII-SingleChain Protein Predicts A Lower Immunogenic Potential as Compared to Full-length Recombinant FVII”

Figure 3. ProPresent® 化验在于调查调制的抗原呈现来之 FVIII 通过 VWF. FL-rFVIII 表达独特抗原表位比起 AFSTYLA® 在没有 pdVWF 的情况下因为 B 域截断。复合 VWF(在一个生理相关比例下)AFSTYLA® 大量减少了生产 T 细胞抗原表于比 pdFVIII 在 VWF 的存在下。相反的,T 细胞抗原表位生产来之 FL-rFVIII 抑制不佳在 VWF *。在 43 个独特或高频率呈递来之 FL-rFVIII 的抗原表位(确定在存和不存在的情况下)能够激活 T 细胞增殖使用了 ProMap® 化验确认**。在上一个 ProPresent® / ProMap® 确定 27 来之 FL-rFVIII-B 域和一个 T 细胞抗原表位共同在 FL-rFVIII 和 BDD-rFVIII, 在 AFSTYLA® 不存在。(没显示数据)


*健康捐赠者 (n=12) 是用来取出 moDCs 的 HLA-DR/DP/DQ 覆盖了 ~80% 的全球人口。每一排的数据显示了 HLA-DR/DP/DQ 呈递的 T 细胞抗原表位来之 1-12 捐赠者针对 FVIII 序列都用了特定颜色在不同的 MHC 等位基因。


**健康捐赠者(n=40),<98% 人口覆盖率,n=57 重叠测试人造多肽

修短的总结:CSL Behring 开展 AFSTYLA® 是第一个和唯一个的单练重组的 FVIII 分子设计来增加服药间隔同时提供有高度的临床效果。CSL Behring 使用了 ProImmune’s ProPresent® 抗原呈现化验调查 AFSTYLA® 在于抗原呈现通过树突状细胞的 HLA DR, DQ 和 DP。研究显示抗原呈现来之 AFSTYLA® 有减少比起其他商业化的 rFVIII 产品。此外,ProImmune’s ProMap® T 细胞增殖化验也显示了减少 T 细胞抗原表位反应对于 AFSTYLA®。 总体从临床前的研究的化验有一致性相对于已经可得到的临床实验数据在于 AFSTYLA®, 没有找到任何的抑制剂对 AFSTYLA®读完整的抽象

ProPresent® 应用例子

  • 鉴定蛋白质的免疫原性
  • 确定呈递的抗原多肽可来之癌基因,病毒,细菌,病原,疫苗或其他载体
  • 发现新的生物标志物
  • 发现新的目标肽对于癌症和感染病毒的干预措施
  • 了解修改蛋白质的影响在于免疫反应
  • 分析对于 HLA-DR,DP,DQ,pan HLA-ABC,HLA-A2,小鼠 H-2 可得到选项
例子细胞来源

• 肿瘤组织
• 细胞系
• 健康捐赠者细胞
• 治疗患者的细胞样本
• 培养细胞, 比如,DCs, B 细胞和其他等等细胞
抗原来源

• 肽
• DNA / RNA
• 外来体
• 病毒 / 病毒样颗粒
• 细菌
• 裂解物
• 纯化蛋白质
• 混合蛋白质
检测选项

• 突变序列
可来之突变数据库或已建立从外显子组测序

• 修改肽
包括磷酸化,化学修饰,只要是定义明确
灵活,能够分离两个步骤过程

• 第一步(通过客户或 ProImmune来执行):
产生细胞呈递 MHC-肽分子,然后沉淀和冷冻细胞

• 第二步(通过 ProImmune 执行):
细胞裂解和回收肽从 MHC 然后通过质谱台测序

ProPresent® 和免疫原性

配搭使用 ProPresent® 和 ProImmune’s REVEAL® 的免疫原性技术服务可得到的知识能让您比较好了解和管理免疫原性对于生物治疗物或其他蛋白质化合物的研发。我们的系统允许数据比较来之同一组的捐赠者样本也能协助解释在病人的特定 MHC 等位基因会是有高或低风险照成不良反应对生物化合物。这个化验能够兼容对配置的生物制剂也能够用来比较其他不同的蛋白质,或使用不同的配置在于同个蛋白质改造抗原表位呈递的模式。ProImmune’s 全蛋白质 ProScern® DC-T 细胞增殖化验ProMap® T 细胞增殖化验可以用来验证功能相关性来之抗原表位鉴定通过 ProPresent®

ProPresent® 抗原呈现化验应用方法

• 表位发现和表征

  • 建立抗原表位用来监控疫苗或生药物在患者的反应
  • 了解所知或可能的过敏原
  • 确定免疫原性的影响在于序列变体在一样的蛋白质,例如,在病毒蛋白质,或在致瘤点突变
  • 调查人口偏见在于表位反应通过用类过等位基因类的捐赠者

• 生药物风险分析

  • 确定呈递抗原表位在食品添加剂或其他消费品,例如,化妆品
  • 确定呈递抗原表位在药品还有其他生物产品
  • 比较和对比呈递的抗原表位在不同批,配置或生产方法在同个生药物,使您早期知道任何安全顾虑

• 了解生物仿制药和生物制剂免疫反应

• 鉴定安全评估底线;比较新型产品对鉴定过,安全的比较性蛋白

• 产生数据支持监管意见书

ProPresent® 抗原呈现化验技术服务详细流程在于 ProImmune 提供树突状细胞

  • 客户提供蛋白质
  • 一组类过 HLA 等位基因,健康捐赠者的外周血单个核细胞(PBMC)样本来之 ProImmune 的组织库(选择 HLA 等位基因的分配)
  • 单核细胞来之捐赠者的 PBMC 培养在一个定义媒体和区别出来生产树突状细胞(DC)
  • DC 然后加了测试蛋白质抗原诱导成熟
  • 收 DC,HLA 分子纯化然后洗脱关联的多肽
  • 使用质谱分析多肽样本的氨基酸序列
  • 质谱的数据比较与一个蛋白质的数据库包含着样本的序列和 Swiss-Prot 数据库在于选择的生物
  • 多肽排名成通过重要性根据基于概率的算法
  • 数据验证通过寻找一个扰码数据库来减少误报
  • 一个完整的数据库已编译,列出全部检测到的抗原表位包括呈现在于嵌套抗原表位集和锚分析对于特色的 HLA 等位基因和一个总结的检测到的蛋白质对照
  • 周期大概 6 周,取决于项目的范围

经常问起的问题

ProPresent® 可以用来调查抗原呈现通过冻存细胞吗?

可以。我们能够使用ProPresent® 提取 MHC 多肽复合物从保存完好的细胞用然后给您独特见解在于呈现的多肽在细胞表面上。

我需要怎么验证抗原表位测定通过 ProPresent® 呢?

我们推荐使用我们的 ProMap® T 细胞增殖化验进一步测试多肽鉴定ProPresent® ,但是还有许多其他可得到的选项 – 直接联系我们询问最好的建议。

ProPresent® 在语境

ProImmune 提供许多模块化工具是您了解免疫反应。我们能够提供的体外方法可以鉴定序列在一个抗原能够结合到 HLA 分子,和了解这个序列能不能够照成 T 细胞反应。但是,功能性化验不能够反映许多重要的复杂内部细胞过程在呈现抗原通过 HLA Class II 类。这个处理过程是被鉴定通过我们的 ProPresent® 抗原呈现化验,让您确定自然呈现的多肽在抗原刺激过的 DC。这个方法包含自然的编辑活动,比如基于蛋白酶的切割和泰编辑通过 HLA-DM 还有其他抗原呈现的通路成分。

以下的表总结了关键要素行驶了理想的免疫原性风险评估策略在于生物化合物和 ProImmune’s 的技术服务适合在您每一个研发阶段。

重点出版物对于 ProPresent®

Bavarian Nordic 使用 ProPresent 识别癌症疫苗 (TVH) 衍生抗原

Preclinical development of a first-in-class vaccine encoding HER2, Brachyury and CD40L for antibody enhanced tumor eradication Hinterberger (2023) Scientific Reports 13:5162

Takeda 使用 ProPresent 研究视神经脊髓炎的耐受性脂质体治疗

The evaluation of lymph node cell proliferation response by liposomes loaded with major histocompatibility complex class II binding aquaporin 4 antigen peptide Muraki (2021) Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 85:3, 537–544

FDA 和 Editas 的团队从 CRISPR-Cas9 中识别出自然呈现和功能相关的 T 细胞表位

Cas9-derived peptides presented by MHC Class II that elicit proliferation of CD4+ T-cells Simhadri (2021) Nature Communications 12: 5090

FDA 和 CSL Behring 团队调 FVIII-呈现的多肽使用单核细胞DCs 的血友病患者还有健康捐赠者

Peptides identified on monocyte-derived dendritic cells: a marker for clinical immunogenicity to FVIII products Jankowski et al (2019) Blood Advances 3:1429

FDA 和 CSL Behring 团队使用 ProPresent 研究 FVIII 衍生肽在血友病患者和健康捐赠者的单核细胞衍生 DC 中的呈现情况

Peptides identified on monocyte-derived dendritic cells: a marker for clinical immunogenicity to FVIII products Jankowski et al (2019) Blood Advances 3:1429

Novo Nordisk 和 FDA 团队调查改造的 F-VIIa 免疫原性

Post hoc assessment of the immunogenicity of bioengineered factor VIIa demonstrates the use of preclinical tools Lamberth et al (2017) Science Transl. Med. 9:372

Nutricia Research 和 Utrecht 大学团队调查致耐受潜力在于水解奶配方

Identification of Peptides with Tolerogenic Potential in a Hydrolyzed Whey-Based Infant Formula Gouw et al (2018) Clin Exp Allergy 48: 1345

AAPS 会议报告发表通过作家来之 Amgen, Novartis, Genentech and ProImmune

Immunogenicity of Antibody Drug Conjugates: Bioanalytical Methods and Monitoring Strategy for a Novel Therapeutic Modality Hock et al (2015) AAPS Journal 17: 35

Pfizer 团队探索治疗性单克隆抗体抗原呈现

Contribution of enhanced engagement of antigen presentation machinery to the clinical immunogenicity of a human IL-21 receptor‐blocking therapeutic antibody Xue et al (2016) Clin Exp Immunol 183: 102

Sanofi Pasteur 团队验证 CMV 表位通过 ProPresent®

HLA-DR and HLA-DP Restricted Epitopes from Human Cytomegalovirus Glycoprotein B Recognized by CD4+ T-Cell Clones from Chronically Infected Individuals Ventura et al (2012) J Clin Immunol 32: 1305

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